株式等の売却益は、譲渡所得として申告分離課税の対象となります。申告分離課税とは、1年間（1月1日〜12月31日）の株式等の売却益に対し、他の所得とは合算せずに、確定申告により10％（所得税7％、住民税3％）の税率*1、2で納税する仕組みです。

株式等の売却損益は、売却代金から取得価額*1と売却費用等*2を控除して求めます。

同一銘柄を2回以上にわたって取得した場合の取得価額は、総平均法に準ずる方法で計算します。総平均法に準ずる方法では、売却前までに保有・取得した株式等の取得価額の平均値を求めます。

相続・贈与等で取得した株式等の取得価額は、被相続人または贈与者の取得価額を引き継ぎます。

一般口座での売却の場合、売却の都度、支払調書が税務署に提出されます。ただし、1回あたりの売却代金が30万円以下の場合は提出されません。
特定口座での売却の場合、個々の支払調書の提出に替えて、年間取引報告書が税務署に提出されます。

株式等の配当金に対しては、10％（所得税7％、住民税3％）の源泉徴収がされ*1、2、課税関係はこれで終了します（確定申告する必要はありません）。確定申告（総合課税）をして配当控除を受けることもできます*3。
申告分離課税を選択して申告することもできます*4が、その場合は配当控除を受けることができません。
平成22年から上場株式等の配当金は源泉徴収ありの特定口座への受入れが可能となり、特定口座内で譲渡損との損益通算ができるようになりました。 この損益通算は年末に行なわれ、超過徴収分が翌年1月初旬に還付されます。

平成21年1月以降、10％を源泉徴収される上場株式等の配当については、すべて支払調書が提出されます。
なお、平成22年1月より源泉徴収あり特定口座で上場株式等の配当等を受入れていますが、この場合、個々の支払調書は提出されずに、特定口座年間取引報告書が提出されます。

上場株式等の売却損益に係る特例には、次のようなものがあります。

上場株式等の売却益に対する税率は、平成25年12月末まで10％（所得税7％、住民税3％）に引下げられています。

損益通算してもなお、上場株式等の売却損が残る場合、確定申告することにより、翌年以降3年間、当該損失を繰り越すことができます。ただし、損失を繰り越す期間中は、毎年連続して確定申告書を提出する必要があります。

* 上記の課税関係は平成23年6月30日現在の税制によるものです。将来、税制が変更された場合は、上記と異なる取扱いとなる可能性がありますのでご留意ください。